C2RAMDLR просто загружает файл в теневое ОЗУ, после рестарта всё равно надо искать запись "RAM: Имя_Игры" и запускать вручную. Автозапуск игры из ОЗУ плохая идея так как после выключения питания данные пропадут и картридж будет запускать мусор.
Запуск мусора после выключения можно полечить поиском сигнатуры AB - если не найдена - не стартуем. Но в целом, для батарейки же все предусмотрено, а ее почему-то не ставит в карик никто. Задумывался пару раз, но нет держателя батареечного, а покупать не хотелось. Вот попадется что-то сломанное на разборку с держателем - по любому отпаяю и поставлю батарейку в карик 
Проблема в другом - при каждой записи ROM в теневое ОЗУ в директории флешки будет создаваться новая запись с префиксом RAM:имя_ROM и каждый раз разная.
Нужно в момент создания такой записи проверять, есть ли уже такая с префиксом RAM: или нет, и если уже есть, сначала ее удалить, и только потом создавать новую
На самом деле, батарейка и не нужна. Запись и чтение данных из эмулируемой области SRAM можно делать просто не отключая питание, а нажимая Reset.
Пользователи некоторых моделей MSX1 сейчас негодуют Есть машинки без ресета. Правда, насколько помню игр для MSX1 с поддержкой FM-PAK не было... так что негодуют они не сильно 
С батарейкой возможно перестанет работать функция двойного рестарта по cold boot и больше не будет показываться заставка с версиями. Надо будет думать как этот cold boot ловить. Сейчас он ловится по метке в ОЗУ, которая стирается после выключения питания. С батарейкой картридж будет считать, что он всегда стартовал "по-горячему".
Ага, этот момент упустил
Спасибо за развернутый ответ.
Мало чего понял. Хотя вроде по русски 
Выходит пока конфиг одной запущенной игры при запуске с якобы консоли (C2RAMDLR) не сохраняется. Ясно.
Просто удобно. Пришел, вдавил NEMESIS1.ROM и играешь. В принципе как вариант можно пока пользоваться "диван-ом"
p.s. Чего вы не поняли. Кто пытался собрать прошивку для фпжа хоть раз для вашего карика, тот поймет? о чем я